2002: Un nuovo inizio, un nuovo capolavoro.

Esce finalmente nei negozi The Process Of Belief. La formazione è composta da Greg Graffin (voce), Brian Baker (chitarra), Brett Gurewitz (chitarra), Greg Hetson (chitarra), Jay Bentley (basso) e Brooks Wackerman (batteria). E' registrato nello studio della Epitaph, interamente scritto e prodotto da Greg Graffin e Brett Gurewitz come a indicare un segno di garanzia. Ancora una volta una canzone viene destinata solo all'edizione giapponese: Shattered Faith. Il lavoro è fantastico. Viene acclamato da più parti come un ritorno a Against The Grain, cosa che accontenta i fan più duri, mentre con canzoni come Sorrow e Epiphany, riesce a conquistare gente che non ha mai ascoltato nulla di punk. E' una sorta di sublimazione della carriera artistica ventennale di un gruppo che ha scritto la storia di un genere musicale. Da molti è definito come quello che il punk rock deve essere nel nuovo millennio. Il lavoro si apre con tre pezzi che vengono immediatamente ribattezzati dai fan "The Modern Holy Trilogy" per indicare la durezza e il ritorno ai vecchi tempi. Si tratta di Supersonic, Prove It e Can't Stop It, un pugno nello stomaco per l'ascoltatore. Altre canzoni molto apprezzate risultano essere Broken, il secondo video dopo Sorrow, Kyoto Now!, con riferimento al protocollo contro l'inquinamento firmato nella città giapponese da molte nazioni tranne gli USA, Epiphany, sebbene l'intro di basso sia pressoché identico a Stickin' In My Eye dei NOFX (Jay Bentley durante la realizzazione ha chiamato al telefono Fat Mike per scusarsi) e The Defense. Nonostante sia presente in rete da qualche mese, il disco raggiunge grandissimi dati di vendita, simili a quelli di Stranger Than Fiction, restando qualche settimana numero uno nella classifica di Billboard degli album indipendenti e nei primi 50 nella classifica generale.
Dopo poche date di presentazione in America, la band parte per un promo-tour in Europa. La grande notizia è che in questo tour c'è la presenza di Brett Gurewitz! Fanno tappa anche a Milano, il 3 febbraio (un evento, Greg Graffin che afferma: "Sono passati diversi anni da quando siamo stati al Rolling Stone [1994], ma non è cambiato quasi nulla: c'è ancora Mr. Brett alla chitarra" e Brett Gurewitz che arriva quasi alle lacrime di commozione sulle note di Generator).
Finite le sei date europee (toccate oltre all'Italia anche Germania, Inghilterra e Spagna), il gruppo ritorna in America per un altro tour di un mese. Terminato ritornano di nuovo in Europa e a giugno iniziano il Warped Tour 2002 con NOFX, No Use For A Name, Lagwagon e molti altri.

Durante l'anno, a marzo, esce un altro album dei Bad Religion. Lo pubblica la Sony, si chiama Punk Rock Songs, The Epic Years ed è una raccolta di pezzi tratti dai quattro album precedenti più alcuni live scartati da Tested e delle canzoni presenti solo solo in alcune edizioni dei loro album. E' l'ultimo espediente con cui la Sony cerca di guadagnare ancora qualcosa sfruttando il nome Bad Religion.

2003: L'attesa.

Si susseguono le date di concerti in America e inizia a girare la voce di un nuovo album.
Su Punk-O-Rama 8 esce l'ultima canzone scritta per The Process Of Belief e non ancora pubblicata: Who We Are.
In estate Greg Graffin consegue la sua seconda laurea e annuncia l'intenzione di scrivere un libro sul "naturalismo".
Verso fine anno i Bad Religion si prendono una pausa di sei mesi per registrare il nuovo album che dovrebbe uscire a maggio dell'anno successivo.
Brooks Wackerman fonda un'altra band: gli Hot Potty. Comprende due membri dei Pulley e nello stesso anno rilasciano un disco.