1997: L'album live e l'album solista.

Esce Tested. E' una raccolta di 24 pezzi live suonati durante il tour di The Gray Race. La formazione è composta da Greg Graffin (voce), Brian Baker (chitarra), Greg Hetson (chitarra), Jay Bentley (basso), Bobby Schayer (batteria). Questa volta viene interamente prodotto dai Bad Religion. Sono presenti anche tre canzoni inedite: Dream Of Unity (che esce pure come singolo, ma in versione leggermente diversa), It's Reciprocal (scritta da Greg Graffin, Brian Baker e Bobby Schayer) e Tested, tutte registrate a casa di Greg Graffin. Il disco è distribuito solo in Europa dalla Dragnet poiché l'Atlantic si rifiuta di portarlo in America adducendo come scusa il fatto che secondo loro non sarebbe stato comprato da nessuno. Qui arriva solo grazie all'importazione da parte del gruppo. La band afferma di non aver fatto questo disco per guadagnare, ma solo per offrire qualcosa alla gente che li segue da anni. E' una sorta di guida esplicativa su cosa sono, cosa fanno e come suonano i Bad Religion dal vivo. Nel libretto, scritto da Greg Graffin, viene spiegato il metodo di registrazione delle tracce dal vivo e per ogni canzone c'è una breve descrizione comprendente la data e il luogo dello show..

Esce l'album solista di Greg Graffin: American Lesion. Non ha nulla a che vedere con la musica dei Bad Religion. Sono 8 canzoni folk suonate con piano e chitarra acustica. Davvero da brivido Cease eseguita con il piano. La maggior parte di queste canzoni sono però influenzate dal divorzio dalla moglie avvenuto l'anno prima, il cui culmine si raggiunge con la struggente e leggermente paranoica Maybe She Will.
Brett Gurewitz lascia momentaneamente la carica di presidente della Epitaph per entrare in un centro di riabilitazione dalla droga.

1998: Il coinvolgimento.

E' tempo per un nuovo album. La pressione esercitata dalla stampa è incredibile. Nel frattempo Greg Graffin decide di cambiare l'approccio creativo, coinvolgendo il resto della band nel processo. A loro delega il compito di tradurre in musica le idee. Nasce No Substance, prodotto da Ronnie Kimball. La formazione è composta da Greg Graffin (voce), Brian Baker (chitarra), Greg Hetson (chitarra), Jay Bentley (basso), Bobby Schayer (batteria). E' prodotto di nuovo dalla band. E' l'album con il maggior coinvolgimento del gruppo nella scrittura delle canzoni: All Fantastic Images, The State Of The End Of The Millenium Address e Victims Of The Revolution (una sorta di rifacimento di Voice Of God Is Government presente nel primo album) con Brian Baker, Mediocre Minds con Greg Hetson (un ritorno alla scrittura di una canzone dopo ben 8 anni), At The Mercy Of Imbecilles con Brian Baker e Greg Hetson e The Same Person con Brian Baker e Jay Bentley. C'è anche la partecipazione di Campino dei Die Toten Hosen (gruppo tedesco) in Raise Your Voice!. Il lavoro però non sembra soddisfare i fan che lo ritengono il peggior lavoro da Into The Unknown, nonostante un ottimo apprezzamento della critica. Meritevoli restano comunque Shades Of Truth, Sowing The Seeds Of Utopia, The Voracious March Of Godliness e In So Many Ways. Sembra che manchi freschezza e sensibilità. Il livello dell'album comunque sarebbe il vanto moltissime altre band, solamente è leggermente più opaco rispetto agli altri. Video solo per Raise Your Voice!.
Stranger Than Fiction diventa il primo album dei Bad Religion a diventare disco d'oro con più di un milione di copie vendute.
Brett Gurewitz è arrestato quattro volte per possesso di eroina e viene condannato a un centro di riabilitazione.
Greg Graffin dà vita al Bad Religion Research Fund, premio destinato alla migliore ricerca scientifica condotta da studenti universitari e delle scuole superiori.
Parte un nuovo tour che li tiene impegnati a lungo.

1999: Il rifiuto.

Impegnati ancora nel tour. Curioso quello che accade in Brasile. Sono previste tre date con gli Offspring. I Bad Religion devono aprire i concerti, essendo gli altri gli head-liner. Riescono però aprire solo un concerto. Gli Offspring non li vogliono in cartellone per le altre due date. E' strano vedere come una band, che fino a pochi anni prima era lei ad aprire i concerti, si comporti con coloro che le hanno permesso di essere così famosa.
Ogni tanto ci sono pause per consentire a Greg Graffin di ritornare all'università.