1994: La major, l'album più vario e il grande abbandono.

Nonostante tutto esce Stranger Than Fiction. La formazione è composta da Greg Graffin (voce), Brett Gurewitz (chitarra), Greg Hetson (chitarra), Jay Bentley (basso), Bobby Schayer (batteria). E' il primo album completamente realizzato per una major (e questo porta molti fan a ripudiare il gruppo) ed è il primo da How Could Hell Be Any Worse? ad essere prodotto da una persona esterna: Andy Wallace. Risulta però essere il migliore mai prodotto dal gruppo, il più sicuro e lucido nonostante ci sia un ritorno alle origini ed è una risposta alle critiche per l'album precedente. Infected diventa una hit alle radio, facendo nascere un gran numero di fan. Viene anche inserita di nuovo 21st Century (Digital Boy), presente su Against The Grain, su richiesta dell'Atlantic che vuole un "singolo" di sicura presa. La canzone viene quindi rivista e perde nell'outro alcuni dei riferimenti alla canzone dei King Crimson, 21st Century Schizoid Man. Partecipazioni esterne vengono date da Tim Armstrong, cantante/chitarrista dei Rancid, che canta Television e Jim Lindberg, cantante dei Pennywise, che provvede ai cori di Marked. Entrambe le band sono tra le più famose della Epitaph. Altre canzoni importanti sono Incomplete, Stranger Than Fiction, The Handshake, Slumber e Inner Logic. Per la prima volta vengono rilasciate differenti versioni degli album con tracce bonus: la versione europea ha due canzoni in più: News From The Front e Markovian Process, mentre l'edizione giapponese, oltre a queste 2, contiene anche Leaders And Followers. Questa volta come video vengono scelte 21st Century, Stranger Than Fiction, Incomplete e Infected con la presenza speciale di Eric Estrada, il famosissimo Poncharello dei C.H.I.P.S..
Gli Offspring, arrivando a vendere 7 milioni di dischi con Smash, diventano la band indipendente più venduta nella storia.
Brian Baker suona come chitarrista a "noleggio" in varie band.
Si inizia un tour di nove mesi che li porta anche in Giappone come supporto ai Pearl Jam.
Subito all'inizio del tour però Brett Gurewitz decide di lasciare la band. La ragione ufficiale è per concentrarsi completamente sulla casa discografica spiazzata dall'incredibile successo degli Offspring. La ragione un po' meno ufficiale è il suo malumore a suonare e produrre canzoni per l'Atlantic sentendosi un "venduto". Le ragioni più fondate sono invece dovute ai problemi di droga in cui è ricaduto di nuovo a causa dello stress di portare avanti due cose contemporaneamente, all'atmosfera tesa che si è venuta a creare all'interno del gruppo e infine ad un litigio con Jay Bentley. Con il tour da completare i Bad Religion si trovano senza un chitarrista e non possono più prescindere dalla formazione a cinque. Dopo alcuni tentativi viene chiamato Brian Baker che è già conosciuto dalla band. Nella stessa settimana, qualche giorno prima della chiamata dei Bad Religion, a Brian Baker viene proposto di seguire, come chitarrista, i REM nel loro tour. Sebbene abbia già accettato, non può però dire di no all'offerta di Greg Graffin. Come dice lui stesso: "i REM sono una delle più grandi band rock del mondo, mentre i Bad Religion sono una delle più grandi band punk del mondo". Infine il lavoro nei REM non sarebbe stato a tempo pieno.
I Suicidal Tendencies hanno un nuovo batterista: Brooks Wackerman. Entrando a far parte di questa band gli permette anche di rilasciare un album con l'altro gruppo del cantante: gli Infectious Grooves.

1995: La raccolta.

Continua il tour in giro per il mondo con il nuovo chitarrista.
La Epitaph, e soprattutto Brett Gurewitz, fa uscire All Ages, una raccolta di tutti i pezzi migliori dall'inizio fino a Generator. Vengono inclusi anche due pezzi dal vivo: Fuck Armageddon e Do What You Want, in cui appare per la prima volta il nome di Brian Baker.
Durante il tour Greg Graffin, rimasto solo nella realizzazione delle canzoni, prepara il materiale per il successivo album.

1996: L'esplosione di popolarità.

Finito il tour è tutto pronto per il nuovo album. La pressione è maggiore rispetto ai precedenti lavori. Tutto è nelle mani di Greg Graffin, il quale scrive tutte le canzoni e registra il demo suonando da solo tutti gli strumenti. Successivamente viene mandato ai vari componenti per la valutazione, cosa mai fatta per gli album precedenti. Alla fine la band si ritrova a New York e registra The Gray Race. La formazione è composta da Greg Graffin (voce), Brian Baker (chitarra), Greg Hetson (chitarra), Jay Bentley (basso), Bobby Schayer (batteria). Brian Baker aiuta nella stesura finale scrivendo degli assoli in quattro canzoni: The Gray Race, Nobody Listens, Spirit Shine e The Streets Of America. Viene prodotto da Ric Ocasek che era il cantante dei Cars. L'album risulta essere un altro capolavoro nonostante sia più oscuro, più duro di quello precedente, grazie anche alle altre canzoni: A Walk, Ten In 2010, Come Join Us e Cease. Il gruppo viene conosciuto a livello mondiale poiché su MTV passa a ripetizione il video di Punk Rock Song. Nell'aprile è al numero 17 nella classifica europea di MTV, sopra a gente come Green Day e Bon Jovi. Anche in questo caso alcune canzoni vengono pubblicate solo sul singolo di Punk Rock Song. Queste sono: Punk Rock Song in lingua tedesca, The Dodo e The Universal Cynic. I video sono, oltre a quello già citato, A Walk, The Streets Of America e Ten In 2010.
Inizia un nuovo tour, il più grande e lungo mai fatto. Durante le prime date nasce l'idea per un nuovo album.
Brett Gurewitz fonda i Daredevils e fa uscire un singolo con due canzoni. La prima, Hate You, è scritta per e contro Jay Bentley.
Brooks Wackerman, oltre a suonare con i Suicidal Tendencies, appare pure nell'album dei Vandals: Xmas With The Vandals: Oi To The World.