1991: Nuovo batterista.

Appena dopo l'uscita del disco Pete Finestone lascia la band. Ufficialmente la motivazione è la volontà di concentrarsi sul suo altro gruppo, The Fisherman. L'Elettra (una casa discografica) per ingaggiarli pone come condizione l'uscita di Pete Finestone dai Bad Religion. La versione non ufficiale, ma quella più attendibile, riguarda i continui contrasti con Brett Gurewitz. Come sostituto Greg Hetson chiede a un suo amico, Bobby Schayer, al momento impegnato in diverse band scadenti, di fare una prova. Si presenta e, grazie anche al fatto di conoscere tutte le canzoni a memoria per essere stato un grande fan fin dagli anni '80, entra a far parte del gruppo.
Il gruppo inizia a registrare un nuovo album.

1992: L'album più oscuro.

Esce Generator. La formazione è composta da Greg Graffin (voce), Brett Gurewitz (chitarra), Greg Hetson (chitarra), Jay Bentley (basso), Bobby Schayer (batteria). Appare subito diverso, più oscuro, più lento e più pessimistico. In sala registrazione il gruppo apprende lo scoppio della guerra nel Golfo e quasi istantaneamente Greg Graffin scrive Fertile Crescent, mentre Brett Gurewitz Heaven Is Falling. L'album viene inoltre registrato nel nuovo studio della Epitaph. Il gruppo aumenta sempre più la propria popolarità, ma i tour in America sono sempre molto rari. Comunque canzoni come Generator, No Direction, Tomorrow, Atomic Garden e Only Entertainment accrescono la fama del gruppo. Di Atomic Garden viene realizzato un video, il primo nella storia della band.
Sempre a causa dello scoppio della guerra il gruppo fa uscire un 7 pollici speciale per la rivista Maximunn Rock 'n' Roll. L'EP contiene 3 tracce: 2 per le canzoni appena scritte su questo tema, Fertile Crescent e Heaven Is Falling, e l'altra per un'analisi politica di Noam Chomasky, professore radicale del MIT.
Jay Bentley è sempre più impegnato nel dare una mano a Brett Gurewitz nella Epitaph; la quale continua a essere strutturata come un'azienda familiare, ma arriva a produrre una quantità di dischi simile a una major.
Brain Baker ritorna nei Dag Nasty che escono con il disco Four On The Floor prodotto da Brett Gurewitz e rilasciato dalla Epitaph.
Brooks Wackerman, quindicenne, inizia la sua carriera come batterista in una band di amici: i Bad 4 Good.

1993: Nuova casa discografica e La canzone.

Esce Recipe For Hate. La formazione è composta da Greg Graffin (voce), Brett Gurewitz (chitarra), Greg Hetson (chitarra), Jay Bentley (basso), Bobby Schayer (batteria). E' l'album che fa conoscere il gruppo al grande pubblico. Ancora qualcosa è cambiato rispetto al lavoro precedente, in alcuni casi più lento, ma ricco di cori e melodie. Qui si trova la canzone che alcuni definiscono "La canzone punk rock": American Jesus. Ma l'album non si ferma solo qui, meritano moltissimo anche Recipe For Hate, All Good Soldier che dimostra l'estensione vocale di Brett Gurewitz, Struck A Nerve con la partecipazione di Johnette Napolitano delle Concrete Blonde, Watch It Die in cui Eddie Vedder, cantante dei Pearl Jam canta il secondo verso, Don't Pray On Me con alcuni dei versi più cinici contro Dio e Skyscraper. Eddie Vedder provvede inoltre ai cori in American Jesus. Viene realizzato lo "storico" video di American Jesus e pure quello di Struck A Nerve.
Questa esplosione di popolarità induce a prendere alcune importanti decisioni. Jay Bentley esce definitivamente dalla Epitaph per concentrarsi solo sulla band. Ci si accorge inoltre che la casa discografica non riesce a distribuire il disco adeguatamente e, allo stesso momento, promuovere tutte le altre band di proprietà. Tra le varie offerte viene accettata all'unanimità la Atlantic, che è una sotto-etichetta della Sony, una major. In Europa l'etichetta si chiama Dragnet. Come prima mossa è ristampato l'album appena uscito. Viene comunque assicurata alla band la più ampia libertà di scelta e Brett Gurewitz si sente libero di promuovere meglio gli altri gruppi. Questa scelta fa arrabbiare moltissimo i fan più duri, secondo i quali una band punk non può produrre dischi con una major.
Completato il passaggio, inizia il primo vero e lungo tour organizzato sia in America che in Europa. Durante il tour però emerge di nuovo lo stress di Brett Gurewitz nel dirigere l'etichetta e allo stesso momento suonare.
Una band della Epitaph, gli Offspring con l'album Smash, sta raggiungendo dati di vendita incredibili.