1987: La svolta.

A questo punto i Bad Religion decidono di impegnarsi maggiormente in questo progetto. A metà dell'anno Pete Finestone ritorna definitivamente dall'Inghilterra e, convinto Lucky Lehrer a lasciare la band, ne diventa ancora una volta il batterista. Brett Gurewitz, dopo molti lavori e ore in cliniche per la riabilitazione, decide di ritornare anche lui e l'occasione è data da un concerto in cui Greg Hetson non può suonare. A questo punto la formazione è completa e si prepara a uscire con un album epico.

1988: La ridefinizione di un genere.

Con il ritorno a un impegno più costante e al progetto di un nuovo disco, Brett Gurewitz decide di riesumare la Epitaph. Nasce Suffer. La formazione è così formata: Greg Graffin (voce), Brett Gurewitz (chitarra), Greg Hetson (chitarra), Jay Bentley (basso), Pete Finestone (batteria). Due riviste specializzate, Trust Magazine e Maximum Rock and Roll, lo definiscono album dell'anno. Lo stesso fanno i lettori di Flipside. Viene considerato la pietra miliare del punk rock californiano o hardcore melodico. Con questo album vengono dettati i canoni del genere: muri di chitarre imponenti, ritmi frenetici, voce graffiante e cori. La novità assoluta sono i testi pieni di significato e intelligenti, scritti sia da Greg Graffin che da Brett Gurewitz. Da più parti inoltre viene indicato come l'album che ha salvato la scena punk americana. Le canzoni sono orecchiabili ma allo stesso momento fanno riflettere. Tutte le canzoni sono dei capolavori ed è difficile scegliere la migliore anche se menzioni particolari meritano: You Are (The Government), Give You Nothing, Suffer e Do What You Want. Quest'ultima contiene la frase più appropriata per spiegare il valore del simbolo della band: "I'll believe in God when 1+1=5". Da questo momento in poi sarà un continuo produrre canzoni, con molti alti e pochissimi bassi, e un continuo "plagio" da parte di tutte le band che seguono. Da questo punto in poi nulla sarà più come prima.
Nello stesso periodo, Greg Graffin ritorna a studiare all'università.
Brian Baker lascia i Dag Nasty e passa nei Junkyard, band punk/metal.

1989: La conferma.

Esce il secondo album, il primo con la stessa formazione del precedente: No Control. La formazione è composta da Greg Graffin (voce), Brett Gurewitz (chitarra), Greg Hetson (chitarra), Jay Bentley (basso), Pete Finestone (batteria). Un altro capolavoro. Continua la linea tracciata da Suffer. Anche in questo lavoro è difficile trovare canzoni sopra alle altre, comunque si possono ricordare Change Of Ideas, No Control (anche se a rischio di plagio per la grandissima somiglianza a The Prisoner dei DOA), I Wanna To Conquer The World, un inno per una generazione di ragazzi, You e The World Won't Stop. Il gruppo diventa sempre più famoso a livello underground, nonostante il tour sulla costa East sia un fallimento e una perdita di soldi da parte dei componenti. Si spostano quindi in Europa, soprattutto in Germania, dove riscuotono un immediato successo. Fanno una prima apparizione anche in Italia, a Roma.

Durate questo primo tour i vari concerti vengono registrati dando vita ad Along The Way. La videocassetta contente 26 canzoni eseguite in 14 città europee e alcune interviste ai vari membri.

1990: La conclusione della Trilogia.

Dopo quattro anni di attesa Brett Gurewitz riesce a riottenere tutte le licenze del primo album che erano finite alla Chameleon Records. Esce così 80-85, una raccolta comprendente How Could Hell Be Any Worse?, l'EP Bad Religion e l'EP Back To The Known più altre tre canzoni pubblicate su una compilation del 1981: Public Service. Ovviamente viene ignorato Into The Unknown. Una particolarità: il libretto riporta una sorta di storia della band scritta da Greg Hetson.

Anche se impegnati nei vari tour Greg Graffin e Brett Gurewitz trovano il modo di scrivere un nuovo album: Against The Grain. La formazione è composta da Greg Graffin (voce), Brett Gurewitz (chitarra), Greg Hetson (chitarra), Jay Bentley (basso), Pete Finestone (batteria). E' l'apice della crescita artistica della band, considerato da tantissimi il miglior album. Le armonie, prima solo accennate, ora hanno "preso il volo". Inoltre è l'ennesima dimostrazione delle potenzialità della band per l'intelligenza delle liriche. In questo album si trovano anche due canzoni non scritte da Greg Graffin o Brett Gurewitz. Una, The Positive Aspect Of Negative Thinking, completamente scritta da Jay Bentley e l'altra, Unacceptable, scritta a quattro mani da Jay Bentley e Greg Hetson. Con questo album si completa "The Holy Trilogy": tre album che un amante del genere non può non ascoltare. Canzoni come Modern Man, Anesthesia, Against The Grain, God Song, la riuscitissima 21st Century (Digital Boy) e la malinconica Walk Away rendono il gruppo sempre più conosciuto sia in America che in Europa. Resta però sempre una strana differenza di accoglienza "live" tra i due continenti.
La Epitaph perde il suo carattere di "azienda familiare" per trasformarsi in una realtà indipendente.
Greg Graffin si laurea alla UCLA in geologia e poco dopo si trasferisce a Ithaca, New York.