1983: L'anno più buio della band.

Vede la luce Into The Unknown. Brett Gurewitz, sempre più alle prese con problemi di droga, con i guadagni derivanti dall'album appena uscito decide di regalare un sintetizzatore a Greg Graffin per il suo compleanno, il quale nello stesso periodo prova un'insoddisfazione per la scena punk e un grande desiderio di sperimentare. Iniziano così a essere create ballate rock con chitarre acustiche, tastiere e suoni sintetizzati. Jay Bentley e Pete Finestone non approvano questo cambio di stile e lasciano la band durante la registrazione della primissima canzone. Paul Dedona e Davy Goldman, amici di Greg Graffin, vengono chiamati a suonare, il primo il basso e il secondo la batteria. Il gruppo ora è formato da Greg Graffin (voce e tastiere), Brett Gurewitz (chitarra), Paul Dedona (basso), Davy Goldman (batteria). Ancora una piccola partecipazione di Greg Hetson che viene citato nella realizzazione della canzone Time And Disregard. Come era prevedibile questo cambio non viene gradito dai fan e porta il gruppo a disintegrarsi, sebbene lo stile delle liriche sia sempre immutato. Basti pensare a It's Only Over When..., Chasing The Wild Goose e Million Days..
Greg Graffin ritorna nel Wisconsin per studiare..
Brett Gurewitz è costretto a dichiarare la bancarotta della Epitaph e trovare lavoro in una catena di distribuzione locale..
Jay Bentley si unisce prima ai Wasted Youth e poi ai TSOL..
Pete Finestone va in Inghilterra a studiare..
Greg Hetson continua solamente nei Circle Jerks..
La band di Brian Baker, i Minor Threat, si scioglie e inizia un periodo in cui suona per vari gruppi..

1984: Un'idea di ritorno.

Greg Graffin ritorna a Los Angeles disgustato dal college nel Wisconsin. Nello stesso momento Greg Hetson si incontra con Greg Graffin e i due iniziano a lavorare su alcuni progetti musicali con il nome di Greg-Greg. Si tratta sempre di ballate rock come Running Fast, l'unica canzone pubblicata che arriva addirittura a far parte della colonna sonora di un film: "Desperate Teenage Lovedolls". Inoltre Greg Hetson convince Greg Graffin a far ritornare in vita i Bad Religion. Come bassista viene reclutato un amico di Greg Hetson, nonché chitarrista dei Circle Jerks: Tim Gallegos. Saltuariamente la band fa dei concerti.

1985: Il secondo EP.

Ritorna dall'Inghilterra Pete Finestone proprio nello stesso periodo in cui Greg Hetson è riuscito a far rivivere in qualche modo la band. Viene quindi registrato l'EP: Back To The Known. Il gruppo ora è formato da Greg Graffin (voce), Greg Hetson (chitarra), Tim Gallegos (basso), Pete Finestone (batteria). A produrlo è Brett Gurewitz. E' un ritorno alle origini punk rock con il completo abbandono delle sperimentazioni dell'album precedente, come il titolo d'altra parte fa intendere. Qui si trova Along The Way, considerata da molti una delle migliori mai scritte dalla band. Da ricordare anche Yesterday e Frogger che prende spunto dal famoso gioco da bar. E' comunque una fase di incertezza, con i vari componenti impegnati in altri progetti.
Prima della fine dell'anno Pete Finestone ritorna in Inghilterra a studiare lasciando di nuovo la band e viene rimpiazzato da Lucky Lehrer, batterista dei Circle Jerks.
Anche Tim Gallegos lascia la band.
Lucky Lehrer insegna come suonare la batteria a Bobby Schayer.

1986: L'indecisione.

Ogni componente del gruppo è ancora impegnato in altre cose. Ogni tanto c'è qualche concerto, con al basso il ritorno di Jay Bentley, ma nulla di più.
Brian Baker fonda la propria band: i Dag Nasty. Una sorta di Minor Threat con molta più melodia, in cui cura anche l'aspetto creativo.