2005: Il DVD live più posticipato.

L'anno si apre con la notizia del nuovo tour estivo in Europa preceduto inoltre da una serie di date in America. L'Italia viene toccata a settembre dall'Independent Days Festival con il gruppo a fare da headliner insieme ai Subsonica. Finita la parentesi europea il gruppo riprende a fare date in America.
Sorge un curioso "caso" attorno all'uscita del DVD live registrato lo scorso anno. La data di pubblicazione viene posticipata molte volte passando prima da metà anno, a fine anno, infine a primavera del prossimo anno. Sembra che tutto ciò sia dovuto principalmente a un erroneo mixaggio dell'audio.
Durante l'anno esce l'annuale Punk-O-Rama vol.10 con una canzone inedita dei Bad Religion. E' News From The Front che effettivamente non è mai uscita sul mercato americano.
I NOFX, in uno dei loro EP, compongono una canzone in puro stile Bad Religion chiamandola I'm A Huge Fan Of Bad Religion nella quale professano il loro amore per questa band.
Il sito TheBRpage compie 10 anni di attività: è forse il sito più attivo nel fornire notizie e dati anche curiosi sul gruppo.

2006: Il DVD e i progetti solisti.

Finalmente dopo un'attesa di 15 mesi esce il tanto sospirato DVD Live At The Palladium. Ottimo prodotto con blocchi di 3-4 canzoni inframezzati da mini-interviste alla band. Ovviamente esiste la possibilità di vedere solo il concerto. Come materiale bonus sono presenti i video detenuti dalla Epitaph, alcune fotografie e due filmati di concerti: uno del 1981 e uno del 1983.
Per quanto riguarda l'aspetto live, il gruppo si concede una lunga pausa a parte alcuni concerti in Giappone a inizio anno, dove è presente anche Brett Gurewitz, e un tour autunnale in Canada con i Dropkick Murphys a fare da spalla. Tra queste due serie di date la cosa singolare è la presenza di un'unica apparizione europea in Belgio.

Greg Graffin, a distanza di 10 anni, ritorna con un album solista: Cold As The Clay. Prodotto da Brett Gurewitz e uscito per la Anti, sotto-etichetta della Epitaph, comprende 11 canzoni in stile folk americano. Di queste solo 5 sono originali: Don't Be Afraid To Run, Cold As The Clay, Highway, Rebels's Goodbye e The Watchmaker's Dial. Le altre invece sono tutte canzoni tradizionali riarrangiate. Molti artisti aiutano Greg Graffin suonando i pezzi, come per esempio Jolie Holland. I più coinvolti sono comunque i membri dei The Weakerthans specializzati in canzoni di questo tipo. Dopo l'uscita del disco l'artista parte prima per un tour europeo e poi per uno americano in cui regala ai fans alcune perle risuonando canzoni Bad Relgion con il piano: God Song, Sorrow e Suffer solo per citarne qualcuna.
Greg Graffin pubblica un nuovo libro: Is Belief In God Good, Bad Or Irrelevant?: A Professor And A Punk Rocker Discuss Science, Religion, Naturalism & Christianity in cui viene raccolto uno scambio di mail tra il cantante e Preston Jones, un professore di storia fervente cristiano.
Brooks Wackerman nei periodi di inattività con il gruppo fonda una nuova band, i Kidneys, e suona in tour con Tenacious D.
Greg Hetson e Jay Bentley vengono coinvolti nel T4 Project, un progetto che comprende decine di artisti delle scena underground mondiale come Pennywise, Circle Jerks, Porno for Pyros, The Damned, Buzzcocks e Strung Out. Esce anche un disco, Story-Based Concept Album, contenente 18 tracce, di cui 10 canzoni. Greg Hetson suona nelle canzoni Underground e 15 Minutes, mentre Jay Bentley compare in Introduction, Interrogation e Resolution e insieme sono presenti in Back Alley.
Non contento, Greg Hetson fonda un altro super gruppo: i Black President. Co-fondatore è il chitarrista dei Goldfinger, Charlie Paulson. Ne fanno parte anche il bassista degli Unwritten Law, il cantante della Dee Dee Ramone band e il batterista dei Guttermouth.
La Epitaph decide di porre fine alla compilation Punk-O-Rama dopo 10 anni ininterrotti di pubblicazione. Questa scelta è dettata dal progressivo ampiamento di generi musicali pubblicati dalla casa discografica e dalle sue sotto-etichette, quindi la denominazione punk faceva storcere il naso ai puristi. Il suo posto viene comunque preso dalla Unsound Compilation in cui i Bad Religion sono presenti con Los Angeles Is Burning.
Come spesso accade circa ogni 2 anni dalla pubblicazione dell'album precedente, la richiesta di un nuovo lavoro da parte dei fans si fa più pressante. L'attesa è alimentata inoltre da una dichiarazione di Brett Gurewitz nel DVD nella quale asserisce che il prossimo lavoro della band sarà un cd doppio. Per voce di Brooks Wackerman però il gruppo entrerà in studio solo all'inizio del nuovo anno.